Label-free—定量质谱分析

• SILAC和iTRAQ/TMT定量蛋白质组学技术要求样品在质谱（MS）测试之前，必须要对蛋白质（SILAC）或者肽段（iTRAQ/TMT）进行稳定同位素标记，在蛋白质或者肽段上引入特定数目的质量标签（mass tag），才能通过MS实现对多组样本中蛋白质的相对定量。

• Label-free定量蛋白质组学技术与SILAC和iTRAQ/TMT不同，样品不需要做任何标记。对于不同组的样品，只需要取等量的蛋白质进行trypsin酶解后，在保持LC-MS相同的条件下，将等量的酶解肽段分别进行LC-MS测试，最后通过比对肽段在LC上的保留时间（retention time）和峰面积（peak area）/MS信号强度（MS intensity）实现对不同样本中每个蛋白质的相对定量。因label-free无需对样品进行标记，因此也称为“非标定量”技术。

• 对于label-free定量方式，我们建议针对复杂度较低的样品如Co-IP、pull-down、亚细胞组分、DARTS (Drug Affinity Responsive Stability）等进行分析。每样品（1）至少进行3次质谱重复，（2）或者3次生物学重复，每生物学重复至少一次质谱检测。

*Label-free定量蛋白质组学技术原理*

*Label-free技术流程及应用场景*

*Label-free蛋白质互作筛选应用案例*

• 参考文献：

1. Molecular & cellular proteomics 2014, 13(9):2513-2526. （MaxLFQ原创文献，几乎是label-free实验的标准方法和分析流程）