• 品牌中心
  • 分子靶点质谱筛选服务
  • 分子靶点质谱筛选产品
  • 应用中心
  • 关于我们
  • 联系我们

探索所有品牌

Molecular Devices
高内涵成像分析系统
多功能酶标仪
单功能酶标仪
类器官工作站
克隆筛选
钙流检测工作站
Sony
分析型流式细胞仪
分选型流式细胞仪
全封闭流式细胞分选仪
ECHO
正倒置一体显微镜
Countstar
细胞计数仪
高通量细胞分析仪
Hvita
Lonza
4D-Nucleofector™
Aperbio
qPCR仪和PCR仪
核酸电泳
蛋白转印
化学发光成像仪
Stilla
数字PCR系统
Seer
高深度血浆蛋白质组学系统
ProteinSimple
Vision Engineering
数码裸眼3D体视显微镜系统
高效率无目镜体视显微镜
人机工效学体视显微镜
ESCO
样本制备
样品培养
样品保存
样品分析
旻泉(Minquan)
叠加式振荡培养箱
通用型振荡培养箱
哺乳动物细胞振荡培养箱
达科为(DAKEWE)
冰冻切片室
组织脱水室
技术制片室
博鹭腾(BLT)
活体成像
分子影像
ZIRCON
无标记活细胞显微成像系统
血浆蛋白质组高深度检测
血浆与疾病
传统技术与挑战
Proteograph—技术平台
Proteograph—整体服务
Proteograph—DEMO数据下载
Protograph—“二代”升级产品线
蛋白质组差异谱质谱筛选
蛋白质样品—质谱鉴定分析
SILAC—细胞定量质谱分析
SILAC—外泌体定量质谱分析
LFQ—细胞/组织定量质谱分析
m6A修饰质谱定量分析
蛋白质互作质谱筛选
蛋白质互作 (PPI) 筛选—LFQ方案
蛋白质互作 (PPI) 筛选—SILAC方案
蛋白质互作 (PPI) 筛选—Crosslink方案
p3×FLAG-Bait 质粒构建&检测 (适配MG01/MG02 Kit)
蛋白质翻译后修饰质谱筛选
“靶”蛋白翻译后修饰 (PTMs) — 质谱分析
“泛”蛋白翻译后修饰 (PTMs) —质谱分析
小分子-靶点蛋白质谱筛选
小分子-靶点蛋白筛选 (Biotin tag)—LFQ方案
小分子-靶点蛋白筛选 (Biotin tag)—SILAC方案
小分子-靶点蛋白筛选 (Alkyne tag)—LFQ方案
小分子-靶点蛋白筛选 (Alkyne tag)—SILAC方案
小分子-靶点蛋白筛选 (Azide tag)—LFQ方案
小分子-靶点蛋白筛选 (Azide tag)—SILAC方案
小分子-靶点蛋白结合位点 (Binding sites) 检测
小分子化学修饰服务 (适配MG05~MG10 Kit)
DNA/RNA-互作蛋白质谱筛选
lncRNA-蛋白质互作—质谱分析
DNA-蛋白质互作—质谱分析
SILAC产品 (质谱级)
SILAC_DMEM Media Kit
SILAC_RPMI-1640 Media Kit
SILAC-labeled HEK-293T Cell Line
SILAC-labeled HEK-293T Cell Pellet
SILAC-labeled HEK-293T Proteome Digest
HEK-293T (适配MG系列产品)
分子互作富集试剂盒 (质谱级)
MG01:IP-MS 富集试剂盒 (3×FLAG tag)
MG02:SILAC-IP-MS富集试剂盒(3×FLAG tag)
MG03:Co-IP/Pull-down胶内酶解试剂盒(IGD)
MG05:SM-PD富集试剂盒(Biotin tag)
MG04:Co-IP/Pull-down溶液酶解试剂盒(ISD)
MG06:SM-PD富集试剂盒(Alkyne tag)
MG07:SM-PD富集试剂盒(Azide tag)
MG08:SILAC-SM-PD富集试剂盒(Biotin tag)
MG09:SILAC-SM-PD富集试剂盒(Alkyne tag)
MG10:SILAC-SM-PD富集试剂盒(Azide tag)
MG11:小分子-靶点蛋白结合位点质谱筛选试剂盒
MG12:PROTAC 分子靶标筛选试剂盒
MG13:细胞/组织差异蛋白质组样本制备试剂盒
MG系列-组合套装 (质谱级)
MG01:组合套装 (MG01 Suite)
MG02:组合套装 (MG02 Suite)
MG05:组合套装 (MG05 Suite)
MG06:组合套装 (MG06 Suite)
MG07:组合套装 (MG07 Suite)
MG08:组合套装 (MG08 Suite)
MG09:组合套装 (MG09 Suite)
MG10:组合套装 (MG10 Suite)
分子互作富集配套试剂(质谱级)
MGR01:考马斯亮蓝染色液 (适配MG系列产品)
MGR02:Bradford蛋白质定量试剂盒 (适配MG系列产品)
MG01/MG02配套试剂/耗材
MG05/MG08配套试剂/耗材
MG06/MG09配套试剂/耗材
MG07/MG10配套试剂/耗材
Molecular Devices
看见不同,挑选卓越——美谷分子重磅发布 QPix FLEX 微生物克隆筛选系统
【重磅】FDA 官宣逐步淘汰动物实验!美谷分子类器官解决方案助力药物研发新纪元
【精准医疗新突破】类器官药敏检测:让癌症治疗不再“试错”
客户成就 | 基于高内涵成像分析系统评价与表征蓝藻细胞特征
……
查看更多
Sony
【应用分享】索尼CGX10封闭式细胞分选系统:稀有亚群的GMP分选新标杆
基于ID7000™的首个 42 参数人全血免疫表型分析高维方案
基于ID7000™的首个小鼠高维胞内方案
【文献分享】Sony SH800助力iPSC悬浮培养技术新突破
……
查看更多
Vision Engineering
Lynx EVO助力提升干细胞研究
……
查看更多
数字PCR仪&荧光定量PCR仪
一步法多重荧光定量逆转录PCR检测4种水禽病毒
数字PCR应用分享| 数字PCR技术在脑动静脉畸形检测中的应用实践与前景展望
一步法多重荧光定量逆转录PCR检测4种水禽病毒
艾普拜生物:提供从定性到精准定量核酸分子检测全流程解决方案
……
查看更多
Countstar
【FDA重磅新政】减少动物试验,类器官引领新药研发新时代!— Countstar全流程解决方案
……
查看更多
公司概况

上海百翱杰生物科技有限公司(简称“百翱杰”)是一站式生命科学整体解决方案供应商,扎根于生命科学领域,坚持“服务为先”的理念和信念,以丰富的管线产品,专业的技术支持,完善的售后体系、专业的科研服务团队,为客户提供整体解决方案。

招贤纳士
销售代表
技术支持
快速链接
切片
id7000
显微镜
Confocal HTai
ImageXpress Co
上海百翱杰生物科技有限公司
  • 品牌中心
    返回主菜单
    品牌中心
    • Molecular Devices
      • 高内涵成像分析系统
      • 多功能酶标仪
      • 单功能酶标仪
      • 类器官工作站
      • 克隆筛选
      • 钙流检测工作站
    • Sony
      • 分析型流式细胞仪
      • 分选型流式细胞仪
      • 全封闭流式细胞分选仪
    • ECHO
      • 正倒置一体显微镜
    • Countstar
      • 细胞计数仪
      • 高通量细胞分析仪
      • Hvita
    • Lonza
      • 4D-Nucleofector™
    • Aperbio
      • qPCR仪和PCR仪
      • 核酸电泳
      • 蛋白转印
      • 化学发光成像仪
    • Stilla
      • 数字PCR系统
    • Seer
      • 高深度血浆蛋白质组学系统
    • ProteinSimple
    • Vision Engineering
      • 数码裸眼3D体视显微镜系统
      • 高效率无目镜体视显微镜
      • 人机工效学体视显微镜
    • ESCO
      • 样本制备
      • 样品培养
      • 样品保存
      • 样品分析
    • 锐思捷(RSJ)
      • 台式纯水/超纯水系统
      • 中央纯水系统
    • 旻泉(Minquan)
      • 叠加式振荡培养箱
      • 通用型振荡培养箱
      • 哺乳动物细胞振荡培养箱
    • 达科为(DAKEWE)
      • 冰冻切片室
      • 组织脱水室
      • 技术制片室
    • 博鹭腾(BLT)
      • 活体成像
      • 分子影像
    • ZIRCON
      • 无标记活细胞显微成像系统
  • 分子靶点质谱筛选服务
    返回主菜单
    分子靶点质谱筛选服务
    • 血浆蛋白质组高深度检测
      • 血浆与疾病
      • 传统技术与挑战
      • Proteograph—技术平台
      • Proteograph—整体服务
      • Proteograph—DEMO数据下载
      • Protograph—“二代”升级产品线
    • 蛋白质组差异谱质谱筛选
      • 蛋白质样品—质谱鉴定分析
      • SILAC—细胞定量质谱分析
      • SILAC—外泌体定量质谱分析
      • LFQ—细胞/组织定量质谱分析
      • m6A修饰质谱定量分析
    • 蛋白质互作质谱筛选
      • 蛋白质互作 (PPI) 筛选—LFQ方案
      • 蛋白质互作 (PPI) 筛选—SILAC方案
      • 蛋白质互作 (PPI) 筛选—Crosslink方案
      • p3×FLAG-Bait 质粒构建&检测 (适配MG01/MG02 Kit)
    • 蛋白质翻译后修饰质谱筛选
      • “靶”蛋白翻译后修饰 (PTMs) — 质谱分析
      • “泛”蛋白翻译后修饰 (PTMs) —质谱分析
    • 小分子-靶点蛋白质谱筛选
      • 小分子-靶点蛋白筛选 (Biotin tag)—LFQ方案
      • 小分子-靶点蛋白筛选 (Biotin tag)—SILAC方案
      • 小分子-靶点蛋白筛选 (Alkyne tag)—LFQ方案
      • 小分子-靶点蛋白筛选 (Alkyne tag)—SILAC方案
      • 小分子-靶点蛋白筛选 (Azide tag)—LFQ方案
      • 小分子-靶点蛋白筛选 (Azide tag)—SILAC方案
      • 小分子-靶点蛋白结合位点 (Binding sites) 检测
      • 小分子化学修饰服务 (适配MG05~MG10 Kit)
    • DNA/RNA-互作蛋白质谱筛选
      • lncRNA-蛋白质互作—质谱分析
      • DNA-蛋白质互作—质谱分析
  • 分子靶点质谱筛选产品
    返回主菜单
    分子靶点质谱筛选产品
    • SILAC产品 (质谱级)
      • SILAC_DMEM Media Kit
      • SILAC_RPMI-1640 Media Kit
      • SILAC-labeled HEK-293T Cell Line
      • SILAC-labeled HEK-293T Cell Pellet
      • SILAC-labeled HEK-293T Proteome Digest
      • HEK-293T (适配MG系列产品)
    • 分子互作富集试剂盒 (质谱级)
      • MG01:IP-MS 富集试剂盒 (3×FLAG tag)
      • MG02:SILAC-IP-MS富集试剂盒(3×FLAG tag)
      • MG03:Co-IP/Pull-down胶内酶解试剂盒(IGD)
      • MG05:SM-PD富集试剂盒(Biotin tag)
      • MG04:Co-IP/Pull-down溶液酶解试剂盒(ISD)
      • MG06:SM-PD富集试剂盒(Alkyne tag)
      • MG07:SM-PD富集试剂盒(Azide tag)
      • MG08:SILAC-SM-PD富集试剂盒(Biotin tag)
      • MG09:SILAC-SM-PD富集试剂盒(Alkyne tag)
      • MG10:SILAC-SM-PD富集试剂盒(Azide tag)
      • MG11:小分子-靶点蛋白结合位点质谱筛选试剂盒
      • MG12:PROTAC 分子靶标筛选试剂盒
      • MG13:细胞/组织差异蛋白质组样本制备试剂盒
    • MG系列-组合套装 (质谱级)
      • MG01:组合套装 (MG01 Suite)
      • MG02:组合套装 (MG02 Suite)
      • MG05:组合套装 (MG05 Suite)
      • MG06:组合套装 (MG06 Suite)
      • MG07:组合套装 (MG07 Suite)
      • MG08:组合套装 (MG08 Suite)
      • MG09:组合套装 (MG09 Suite)
      • MG10:组合套装 (MG10 Suite)
    • 分子互作富集配套试剂(质谱级)
      • MGR01:考马斯亮蓝染色液 (适配MG系列产品)
      • MGR02:Bradford蛋白质定量试剂盒 (适配MG系列产品)
      • MG01/MG02配套试剂/耗材
      • MG05/MG08配套试剂/耗材
      • MG06/MG09配套试剂/耗材
      • MG07/MG10配套试剂/耗材
  • 应用中心
    返回主菜单
    应用中心
    • Molecular Devices
    • Sony
    • Vision Engineering
    • 数字PCR仪&荧光定量PCR仪
    • Countstar
  • 关于我们
    返回主菜单
    关于我们
    • 公司概况
    • 招贤纳士
  • 联系我们
  • 仪器维修
快速链接
切片
id7000
显微镜
Confocal HTai
ImageXpress Co
百翱杰 应用中心数字PCR仪&荧光定量PCR仪

数字PCR与基因编辑育种——番茄基因组倒位频率检测,助力番茄育种

阅读数:0
2024-11-14
海报分享
<svg viewbox="0 0 1 1" style="float:left;line-height:0;width:0;vertical-align:top;"></svg>

导读

<svg viewbox="0 0 1 1" style="float:left;line-height:0;width:0;vertical-align:top;"></svg>

染色体倒位(inversion)是由于同一条染色体上发生了两次断裂,产生的片段颠倒180度后重新连接造成的。染色体倒位现象在植物中广泛存在,对植物育种来说是有利又有弊。有利之处在于染色体倒位可能改变减数分裂过程中基因的重组频率,促进物种进化,为生物育种提供了新的策略。不利之处在于倒位也可能对受精和胚胎发育过程产生不良影响,导致生育能力降低或产生遗传异常的后代。

(图源:网络,侵删)

基因编辑是在植物中诱发或者逆转倒位突变的有效方法,为修改局部重组率提供了有效机制。最近,荷兰瓦赫宁根大学的研究团队在bioRxiv上发布了题为“ Key determinants of CRISPR/Cas9 induced inversions in tomato ”的文章。作者运用CRISPR/Cas9技术在番茄6号染色体上诱导了一系列从1 kb到37.5 Mb不等的倒位,使用数字PCR方法验证倒位事件的发生,其结果与测序结果高度一致。本文深入探究了CRISPR/Cas9技术诱导染色体倒位的实验方法和影响因素,为精准育种开辟了新路径。

 应用亮点:

<svg viewbox="0 0 1 1" style="float:left;line-height:0;width:0;vertical-align:top;"></svg>

▶  首次系统地探讨了CRISPR/Cas9在番茄中诱导基因组倒位的关键机制,揭示了不同因素对倒位发生频率和类型的影响。

▶  创新性地应用naica®微滴芯片式数字PCR系统对CRISPR/Cas9诱导的基因组变化进行高灵敏度和定量分析,为监测基因组编辑结果提供了更为精准的工具。

 实验结果:

<svg viewbox="0 0 1 1" style="float:left;line-height:0;width:0;vertical-align:top;"></svg>

⒈ 倒位片段长度与倒位诱导频率的关系:作者设计了十三个CRISPR/Cas9构建体,每个构建体含有两个靶向番茄染色体6特定位点的gRNA,一个是固定的参考gRNA,另一个是可变gRNA。通过这些构建体诱导了一系列1 kb到37.5 Mb不等的倒位,发现倒位大小对诱导频率的影响微乎其微,除非大于1Mb的倒位。对于长片段的倒位,无论gRNA切割效率如何,其倒位频率都会大幅地下降。作者提出了假设,长片段倒位形成的频率较低可能是因为这些片段运输到修复部位的过程中,受到其尺寸的阻碍。

▲图1,使用固定gRNA的平均突变频率对转染效率进行校正后得到的可变gRNA突变频率(%)(纵坐标)

⒉不同方法验证:作者将CRISPR/Cas9构建体转染到原生质体中,利用naica®微滴芯片式数字PCR系统 (cdPCR)鉴定倒位事件。同时,利用Hi-Seq测序技术检测了固定和可变gRNA靶点上双链断裂(DSB)位点的突变(1kb-3kb),进一步验证突变和倒位事件的发生的频率。这种双重方法能够将倒位频率与突变诱导频率联系起来。结果发现,两种检测技术的结果高度一致,检测的倒位频率相当。

▲图2c:naica 数字PCR微滴质控图,蓝色圈表示阳性微滴,代表倒位事件的发生

▲图2b:通过PacBio Sequel II测序(绿色)和cdPCR (蓝色) 检测到的1kb和3kb大小的倒位事件频率

⒊ 修复机制:作者假设了植物细胞内可能存在一种未被完全理解的非同源末端连接(NHEJ)修复机制,利用受损染色体部分的主动运输到细胞核中的专用修复位点来完成修复。

⒋ 倒位频率的瓶颈:作者发现,可变gRNA的切割能力较低时,倒位的频率也将下降,可变gRNA的切割能力可能是诱导倒位的关键因素。

 结论:

倒位事件在细胞群体中的发生频率通常较低,长片段(如超过1 Mb)倒位事件频率更低。cdPCR较传统PCR方法,具备更高灵敏度,使其能够检测到这些低频事件。研究团队使用cdPCR检测到的倒位事件与PacBio Sequel II测序数据高度一致,验证了cdPCR在倒位检测中的可靠性。这项研究不仅增进了我们对基因编辑过程中染色体结构变异的理解,也为植物育种提供了新的策略,通过调控倒位频率,可以更精准地改良作物特性,培育出更优质的番茄品种。

参考文献:

Jillis Grubben, Gerard Bijsterbosch, Richard G.F. Visser, Henk J. Schouten. (2024). Key determinants of CRISPR/Cas9 induced inversions in tomato. bioRxiv. doi:10.1101/2024.01.09.574821


  • 秀丽线虫热激存活的高内涵成像检测与分析
  • 【文献分享】Sony MA900助力CNS免疫监控的调节机制研究
  • 数字PCR应用——污水中流感病毒监测
热门搜索
Molecular Devices Sony ECHO Countstar Lonza Aperbio Stilla Seer ProteinSimple Vision Engineering ESCO 锐思捷(RSJ)
相关产品
  • Nio+全自动数字PCR一体机系统
    Nio+全自动数字PCR一体机系统
  • Pangaea Super 8 超快速荧光定量PCR系统
    Pangaea Super 8 超快速荧光定量PCR系统
  • naica®全自动微滴芯片数字PCR系统
    naica®全自动微滴芯片数字PCR系统
  • Pangaea 快速荧光定量PCR系统
    Pangaea 快速荧光定量PCR系统
品牌中心

Molecular Devices

ECHO

Countstar

ProteinSimple

Vision Engineering

ESCO

Lonza

Aperbio

Stilla

Seer

锐思捷(RSJ)

达科为(DAKEWE)

分子靶点质谱筛选服务
血浆蛋白质组高深度检测
蛋白质组差异谱质谱筛选
蛋白质互作质谱筛选
蛋白质翻译后修饰质谱筛选
小分子-靶点蛋白质谱筛选
DNA/RNA-互作蛋白质谱筛选
分子靶点质谱筛选产品
SILAC产品 (质谱级)
分子互作富集试剂盒 (质谱级)
MG系列-组合套装 (质谱级)
分子互作富集配套试剂(质谱级)
联系我们
021-36397181
info@ibiogene.cn
关注我们

© 2025 上海百翱杰生物科技有限公司 版权所有| 沪ICP备19009379号-1| 沪公网安备31011002007073号

隐私保护 网站地图

仪器维修 留言咨询
百翱杰官方微信
电话及邮件咨询
021-36397181 info@ibiogene.cn 邮件订阅

工作日:09:00-18:00

休息日:10:00-17:00