1. 构建多模态空间胸腺图谱
作者团队整合了胎儿和婴儿胸腺样本的单细胞测序和空间数据集，使用了TissueTag计算框架，构建了一个多模态胸腺细胞图谱。通过H&E染色区分皮质和髓质，随后构建了特定于胸腺的OrganAxis模型，皮质-髓质轴（CMA）。CMA能够捕捉到局部和全局的空间异质性，实现不同样本数据的整合和跨条件比较。
2. 不同阶段的T细胞发育
作者团队利用CMA工具对胎儿和婴儿各阶段的胸腺样本不同类型细胞进行了空间定位分析。研究发现，整个取样阶段T细胞谱系的分布情况高度保守，DN、DP主要分布于皮质，SP在髓质中富集。细胞因子和趋化因子驱动这一迁移过程，其表达情况在胎儿和早期婴儿胸腺中也是高度一致的。
3. TEC亚型的空间分布
作者团队通过SONY流式分选出胎儿和婴儿胸腺中的total TEC分析，识别出cTEC （cortical TECs）和mTEC（medullary TECs）的不同亚型，发现它们在胸腺内的分布位置特定。通过对这些亚型的空间映射分析可以挖掘许多信息，例如发现mTECIII型细胞，尤其是表达黏膜和皮肤相关基因的亚型与Hassall氏小体（HCs）密切相关。又如可追踪到mcTECs（cTEC和mTEC过渡态亚型，高表达KRT15 and ITGA6）仅出现于胎儿胸腺，位于囊膜和皮质髓质交界处。这些发现为理解TECs在胸腺发育和免疫调节中的作用提供了新的见解。
4. T细胞迁移的调控机制
作者团队结合单细胞测序和空间组学数据，包括CITE-seq、IBEX循环蛋白成像和Visium空间转录组等，揭示了CD4+SP和CD8+SP T细胞在皮质-髓质迁移规律。两者迁移时间上存在差异，CD4+ T细胞更早，CD4+SP未成熟、半成熟、成熟细胞均在髓质中富集，而CD8+只有成熟细胞高表达在髓质中，其余阶段主要集中在皮质中。这与两群细胞的CCR4和CXCR3趋化因子受体的表达差异有关。
